次氯酸钠的灭菌原理主要是通过它的水解形成次氯酸，次氯酸再进一步分解形成新生态氧[O]，新生态氧的极强氧化性使菌体和病毒的蛋白质变性，从而使病源微生物致死。氯气消毒的原理也主要是以产生出次氯酸方式。根据化学测定，次氯酸钠的水解受PH值的影响，当PH超过9.5就会不利于次氯酸的生成。但是，绝大多数水质的PH值都在6- -8.5， 而对于PPM级浓度的次氯酸钠在水里几乎是完全水解成次氯酸，其效率高于99.99%。其过程可用化
学方程式简单表示如下:
NaCIO+H2O->HCIO+NaOH
HCIO-→HCI+[O]
次氯酸在杀菌、杀病毒过程中，不仅可作用于细胞壁、病毒外壳，而且因次氯酸分子小，不带电荷，可渗透入菌(病毒)体内与菌(病毒)体蛋白、核酸、和酶等发生氧化反应，从而杀死病原微生物。
R-NH-R + HCIO - > R2NCI + H2O
同时，氯离子还能显著改变细菌和病毒体的渗透压使其丧失活性而死亡。
在消毒方面，值得肯定的是，由于次氯酸钠发生器所生产的消毒液中不象氯气、二氧化氯等消毒剂在水中产生游离分子氯，所以，一.般难以形成因存在分子氯而发生氯代化合反应，生成不利于人体健康的有毒有害物质。并且，次氯酸钠也不.象氯气同水反应会最后形成盐酸那样，对金属管道构成严重腐蚀。不过，它同氨可以发生反应，在水中生成微量的带有气味的氯氨化合物，但这种物质也是- -种安全的杀生药剂，只是远不及次氯酸钠的杀生能力。